La Organización Colegial Veterinaria se reafirma en el uso del microchip como sistema eficaz de identificación de los perros por responder a la normativa europea, estar implantado en todo el territorio nacional, haber demostrado su eficacia y  no provocar rechazo de los dueños de los animales. Ante el incipiente proyecto empresarial apoyado por algunos ayuntamientos de genotipar a los canes y crear nuevas bases de datos para sancionar al dueño que no recoja los excrementos, la OCV participa de la idea de que la genética tiene una clara utilidad para animales de alto valor, como los caballos y perros de singular pedigrí, u otros animales de vida silvestre, como los halcones.

Asimismo, la identificación genética podría tener en el futuro un interés médico para el veterinario clínico ante la posibilidad de predecir algunas enfermedades, lo cual no es una realidad en el momento presente. Pero la  OCV, según el criterio expuesto en la última reunión de la Junta Interterritorial, no acepta que haya una segunda base de datos de identificación animal.

La OCV participa del consenso general de la mejora del nivel cívico que ha experimentado la sociedad, pero no comparte el intento de crear un nuevo sistema de identificación animal cuando el existente está consolidado y funciona razonablemente. Encuentra, además, otras razones para rechazar ese proyecto. En términos estrictamente legales, la legislación actual atribuye a las Comunidades Autónomas la potestad de crear bases de datos de identificación animal. El intento de algunos ayuntamientos de proceder a la formulación de nuevos registros podría entrar en conflicto con la normativa vigente. En la actualidad, algunas comunidades autónomas ya se han pronunciado al respecto ratificando su competencia exclusiva en la materia.

El proyecto de identificación por genotipado para sancionar a los propietarios que no recojan los excrementos de sus animales exige la participación de funcionarios públicos en su recogida para su traslado al laboratorio designado y posterior identificación. Pero de la información que se conoce de ese proyecto no se desprende una garantía de trazabilidad de las muestras, ni se deduce que la custodia de las mismas se compadezca con los requisitos exigibles. Estas circunstancias, efectuada la notificación de sanción al propietario del animal, conducirían a un ingente número de contenciosos en las distintas instancias administrativas y judiciales.

El sistema, por otra parte, podría vulnerar la legislación en materia de racionalización de las administraciones públicas, que establece la no duplicidad de servicios públicos; y en el supuesto de que fuera una empresa la que gestionara el proceso entraría en colisión con la filosofía que anima la defensa de la competencia en el ámbito empresarial.